A nossa sugestão é, antes de finalizar o arquivo, adicionar uma camada (layer) toda em preto ou alguma cor sólida bem diferente da cor da arte, para encontrar eventuais manchas e apagá-las. Antes de terminar, é só remover a camada de fundo para voltar a ter a arte transparente.
Às vezes mesmo assim não dá pra ver pequenas sujeirinhas e imperfeições, por isso é preciso dar bastante zoom e tentar apagá-las, salvar e fazer um novo upload, até sumir tudo.
A técnica que a gente usa pra aplicar a arte mostra como ela vai aparecer no produto final e se o adesivo está aparecendo manchado, compromete o resultado da impressão no produto final.